Arrivé au CD 3, vous pouvez fusionner vos matérias magiques, de commande et d'invocation grâce aux Méga Matérias récupérées au CD 2 et entreposées chez Bugen Hagen à Canyon Cosmo. Vous obtiendrez ainsi des matérias maîtresses possédant les pouvoirs de toutes les matérias originelles, très pratiques pour construire un perso très puissant en occupant peu d'orifices.

Pour obtenir la matéria Magie Maîtresse, vous devez posséder toutes les matérias magiques en niveau maître et vous rapprocher de la Méga Matéria Verte. Vous pourrez ensuite lancer tous les sorts de magie.

Pour obtenir la matéria Commande Maître, vous devez avoir vos matérias Coup Mortel, Lancer, Manipuler, Mimer, Sentir, Trans, Voler en maître et vous rapprocher de la Méga Matéria Jaune. Vous pourrez ainsi avoir accès à toutes ces commandes à la fois.

Enfin, pour obtenir la matéria Invocation Maître, vous devez posséder toutes les matérias d'invocation au niveau maître avant de vous rapprocher de la Méga Matéria Rouge. Vous pourrez utiliser sans restriction toutes les invocations au cours d'un combat.